В античні часи Дністер був відомий під назвою «Данастріс», яка походить із іранських мов («дон» — вода; порівняй: Дон, Донець, Дніпро (Данапріс), Дунай (нім. Donau)). Стародавні греки називали річку «Тірас» (Tyras).
Назва Дністер в інших сучасних європейських мовах: Dniestr (англ.), Dnister (Dnjestr) (нім.), Dniestr (польськ.), Nistru (румун.), Днестр (рос.).
Українська народна етимологія пов’язує назву ріки зі словосполученням «дні стер». Існує легенда, згідно якої на місці річки був невеликий струмок, уздовж якого жили люди. Вони вели свій календар, позначаючи дні на піску, що був на березі струмка, позначками.
Але одного разу струмок розлився своїми водами на довколишні поля і затопив береги. Коли ранком вода спала, вийшли люди на берег, а їхніх позначок на піску нема.
— Хто дні стер? — бідкались люди, і самі собі відповідали:
— Та хто?! Струмок дні стер.
З того часу і стали називати струмок, який дні стер — Дністер.